Soja je jedna od najvrjednijih mahunarki u smislu sadržaja proteina, ali zahtijeva i najrigorozniju obradu.
Neutralizacija inhibitora: Soja sadrži inhibitore tripsina (enzim koji probavlja proteine) i fitinsku kiselinu. Oni se moraju neutralizirati radi sigurne konzumacije i apsorpcije hranjivih tvari.
Metode obrade: Soja zahtijeva dugotrajno namakanje i temeljito kuhanje. Još učinkovitiji je proces fermentacije (npr. u misu, tempehu, nattu), koji uništava antinutrijente i povećava bioraspoloživost proteina.
Hormonalni učinci: Soja sadrži izoflavone (fitoestrogene) koji mogu imati učinke slične hormonima.